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民國101年底，國道將實施全面電子收費，費率將按公里計算，通行費和現在相比，依不同路段將有漲有跌。但對於大部分不經收費站的用路人來說，必須額外增加過路費，恐有「變相加稅」之虞。

台灣高速公路收費已超過30年，一直是採取人工柵欄計次收費。交通部推動計程收費，預定民國101年底上路；據統計，全台三大都會區高達五成四的國道車流，上下交流道不經收費站，因此現在都不必繳費，但實施計程收費後，這群龐大國道用路人，未來全得依照里程數付費。

國道收費站平均間距34公里，小客車每經一座收費站要付40元，等於每走一公里是1.17元。以台北都會區利用國道通勤進出台北市的汐止民眾為例，現行汐止交流道到圓山交流道為13公里，免付費，未來每日往返卻得額外負擔超過30元。

高公局則認為，計程收費後的通行費究竟比現在計次通行費便宜還是貴，無法一概而論，因現在的收費機制並不公平，例如同樣是經過泰山收費站，從五股上交流道，行駛約3公里就要收費；從內湖上交流道，大約18公里後才遇到收費站。

高公局目前正委託民間進行計程費率研究，期末報告近期完成，4月將向交通部提報建議費率。高公局說，在收入維持平盤原則下，由於未來可望增加原本收不到費用的短程旅次，計程費率將比現行用計次推算出來的每公里約1元還要低；走一趟中山高，通行費不會超過4百元。