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對此，行政院上午發出聲明稿表示，2010年3月31日朱立倫擔任行政院副院長主持「行政院節能減碳推動委員會」會議中，確有將深澳電廠列為「進行中之屆齡汰舊換新計畫」的簡報，以及時任副院長的朱立倫確有裁示針對包含深澳電廠在內之火力電廠汰舊換新計畫「請經建會儘速審議，並協調相關部會解決遭遇問題」之會議紀錄具體呈現。
行政院指出，深澳電廠確實在國、民兩黨執政時都曾推動過之事實，新北市政府12日以新聞稿指出「深澳電廠已經不再發電，根本不在會議討論範圍」內容之不實。「所有的決策、做過決策的人，都應接受大家檢驗。」
針對朱立倫表示所說，深澳電廠「深澳電廠早於2007年就除役，2010年的排碳量已經是0，還能怎麼減碳？」，行政院指出，當時會議的目的是為追求「節能減碳」，深澳電廠的「汰舊換新」計畫列入該次會議報告，即代表該電廠並非是新蓋電廠，且為了要達到「節能減碳」、「減少空污」之目的，因此朱副院長才會要求經建會儘速審議、協調解決問題。
行政院表示，朱立倫否定其曾裁示推動深澳電廠更新之事實，甚至還自己跳出來大力反對深澳電廠，並一再主張該電廠的更新會帶來嚴重空污。「賴院長對朱市長此一轉變表示難以理解。」
行政院也指出，朱市長提及其擔任副院長期間，2010年深澳電廠所編列的預算自始即採「先拆後建」方式，即是為了建造新機組、新電廠以更低污染、更高效率的方式持續供應北台灣的電力服務，這都清楚載明在當年度的執行計畫內容中，也都具體公告在政府計畫資訊網。
針對國民黨政府2014年決定停建深澳電廠，行政院指出，當時是因原規劃的卸煤碼頭位置（蕃仔澳）爭議未解，台電公司為避免財務負擔擴大，因此向經濟部申請緩辦，行政院同意「緩辦兩年」，台電公司於2016年10月再向經濟部提出本更新計畫修正案，並非朱市長所指稱的「早就廢棄的計畫」。
行政院表示，每個國人、每家廠商都要用電，電力供應是不分藍綠、攸關國家長期發展所必需的重要基礎建設，實不應因一時的選舉而成為被操弄的議題。賴院長已在12日於立法院答詢時做出「停建深澳電廠」的政策宣示，希望國人對國家能源發展議題，能重新回到基於科學根據與事實的理性討論，為台灣永續發展，共同尋求最適方案。
對於行政院聲明，新北市發言人張其強稍早回應，至少大家都有共識，就是「深澳燃煤電廠從民國95年環評通過、核定更新擴建計劃、到編列預算開始執行，都是在蘇貞昌院長任內。」
