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早在10年前，福建就率先在大陸全國開展台灣居民申辦個體工商戶改革。2005年，省委省政府在《關於全面提升民營經濟發展水平的若干意見》中首次提出，允許台灣居民參照港澳居民在大陸申辦個體工商戶。此後，國家有關部委接連出台政策，加快福建向台胞開放個體工商戶申辦的改革步伐。
2007年初，中共中央台辦等11部委明確規定，來海峽兩岸農業合作試驗區和台灣農民創業園從事農業合作專案的台灣農民，可直接申請設立個體工商戶。
2011年底，國台辦等5部委發出通知，自2012年1月1日起，在福建等9省市，台灣居民可在餐飲業、零售業兩個領域申辦個體工商戶註冊登記。自2012年4月1日起，進一步放寬從業人員、營業面積限制。
主動的改革探索，與持續深化的政策相疊加，使福建成大陸全國台灣居民、農民個體工商戶數量最多的省份。截至2015年底，全省已登記台灣居民個體工商戶1513戶，資金數額1.48億元人民幣；台灣農民個體工商戶120戶，資金數額9579萬元人民幣。
除國家部委面向福建等26個省（區、市）開放24類行業外，福建自貿試驗區獲准放開的129項營業範圍中，涉及輕工製造、道路貨物運輸、知識產權服務、大氣污染和固體廢物治理、市政設施和環境衛生管理等行業領域。
