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1996年，台灣麥當勞推出6種超值全餐，首度以套餐方式為點餐選擇；1999年，台灣麥當勞在彰化大城鄉設立亞洲第一座、世界第二座麥當勞食品城，同年，戀愛麥語Hello Kitty玩偶促銷活動，掀起台灣的粉紅風暴，陸續售出超過1200萬隻玩偶。
1999年、2000年1月18日，台灣麥當勞產生了3個加盟經營者，使組織架構更加活化；2002年領先業界澎湖馬公中正餐聽正式開幕，成為第一家離島設點的西式連鎖速食餐廳。
2003年，第一家McCafe正式加入台灣餐飲市場，首間店選在台北市天母東路、忠誠路交叉路口，同年，全台麥當勞餐廳全面提供無線寬頻上網服務，使得台灣麥當勞成為全台最大提供無線上網的連鎖品牌。
2004年1月28日，台灣麥當勞推出5萬份全球限量20周年紀念郵票，9月7日舉行漢堡開門參觀日，首創全國餐飲業全面開放參觀內部作業的典範；2005年2月1日台灣推出全球首創產品「板烤米香堡」，並推出「吃得巧動得好」活力均衡生活形態，且由奧運金牌得主朱木炎代言。
2006年6月1日，全台99家得來速餐廳實施24小時營業；2007年1月全台超過150家麥當勞餐廳實施24小時營業，同年，擴大建立舒食餐廳環境，全台近90家餐廳提供McCafe餐點；2008年推出24小時「歡樂送」，大台北、台中、高雄3大都會區推出外送服務。
2009年推出超值早餐49元起、超值午餐79元起，以及天天超值選25元起，讓顧客能更輕鬆享受更多美味；2011年麥當勞首推兒童餐蘋果水果袋，同年也推出滿福鮮蔬堡、鮮蔬火腿蛋堡，讓消費者選擇多更多。
2013年麥當勞推出全新米食新星產品「趣飯捲」，首度打造星光旗艦餐廳，並首創青年就業周，號召上萬求職者親臨參與職場體驗活動。
2015年5月，美國麥當勞總公司提出全球振興計畫，決定台灣子公司全面撤出台灣，開始尋求適當的授權發展夥伴，改為區域授權經營的方式，之後陸續有傳言指出包含統一集團、義美等將接手，但是消息都被否認。
2016年底傳出仰德集團的二少爺、國賓飯店總經理李昌霖有意接手，2017年初又傳出其實還有另外2個買主，分別是信義房屋董事長周俊吉與中和紡織董事長葉啟昭，不過消息也一直沒有被證實。
2017年3月28日經濟部投審會核准資案，通過美商麥當勞餐將所持有台灣麥當勞股份，轉讓予國內事業德昱股份有限公司，轉讓金額台幣50.9億元。
