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一、提高防疫層級為一級開設，由賴清德召集並擔任總指揮官，副市長張政源擔任副總指揮官，秘書長李孟諺擔任副總指揮官兼對外發言人，由農業局局長許漢卿擔任指揮官，衛生局長陳怡、環保局長李賢衛擔任協同指揮官、動保處長吳名彬擔任執行官。
二、提高防疫作為，除加強移動管制外，也增加監測頻度及範圍，原規定1公里內禽場每月監測1次，1-3公里加強疫情調查，現提高為案例場1公里內禽場全部移動管制，每半個月採樣1次，持續3個月。1-3公里禽場全部移動管制，須經首次檢測無病毒存在後才可屠宰上市，半個月後再監測1次（已屆上市肉禽優先採樣），後續每個月採樣1次，共持續3個月。3-5公里內針對鴨場採樣，其餘加強臨床訪視，查有異樣則採樣送檢，檢測無病毒存在後才可屠宰上市，每個月採樣1次，共持續3個月。
三、進行接觸人員健康監控及自主管理，對養禽業者及接觸過禽場的人員須做自主管理及健康追蹤，相關疫情控制處理人員應做好安全防護，台南市政府衛生局並已針對本案的相關業者及工作同仁共16位進行健康追蹤及自主管理，目前健康情形良好。
四、請環保局、經發局及衛生局等單位全力支援農業局控制疫情。
五、嚴格禁止市場活禽屠宰，避免有擴散風險；並且要求每個禽場依照生物安全標準作業程序（SOP）進行消毒防疫及飼養，天氣寒冷時，禽隻應做好防寒保暖措施，有異常應立即通報防疫機關，防止台南市疫情發生。
六、日本和韓國雖然有H5N6禽流感病例，但並沒有禽傳人的案例發生，市場上的禽肉均有經過屠宰檢查才上市，只要煮熟食用即安全無虞，市民朋友可安心購買不要恐慌。
賴清德說，台南市政府有決心面對H5N6這場疫情，市政府各局處通力合作把疫情控制下來，捍衛台南市民健康，避免造成農業的損失，敬請台南市全體市民支持。
