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面對即將登場的軍人年改，林萬億說，因軍人服役年限相對較短，階級、薪資加給比較複雜，目前國防部已提出改良式方案，預計在下個會期提出，但並未訂改革期限。林萬億說明，原則上政府希望18%優惠存款、最低生活保障32160元等調整，軍公教要ㄧ致，但退休金所得替代率會略高於公教人員，他也說，軍階越高、所得替代率越低，但不會低於政務人員的4成。
林萬億直言，年金改革對台灣社會非常關鍵，過去因為職業不同、退休金領取金額也不同，造成社會分裂，現在推動年改，是在幫大家除汙名化，拿掉讓社會分裂的引信，又說倘若自己10年前退休，就可以領到18%，但還是選擇繼續任職，「金錢是身外之物，不要太計較它」。
針對外界質疑，立法院最終通過的版本，部分內容與年金改革國是會議版本有出入，例如原本年改會版支持18%優存利率6年退場，最後採用民進黨團「更嚴苛版」2年退場，林萬億說明，其實在推出年改版本時，就知道有兩種不同主張，因此提出「最遲6年」，最後決議2年退場，並不違背年改會版本。
林萬億澄清，外界傳言總統蔡英文不滿年改結果，猶如被立院黨團打一巴掌，但蔡僅說「不要和年改會版本相差太遠」，並未對結果震怒，反而滿意改革成功，後續將與各部會協商，研擬施行細則。
