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為避免校園也陷入食安風暴，教育部先前建立「校園食材登錄平台」，要求學校登錄午餐食材來源，以防範食安危機爆發時能即時查詢校園內食材是否中標，而要求食材登錄被教師們認為過程繁瑣，再加上還要採用認證食材恐造成校內人員更大的負擔，因此建議教育部與農委會重新商議獎勵金額度，並由中央統一規畫獎勵金核撥，降低政策執行難度。
王建龍表示，受限於經費過低，現在要找人煮營養午餐已經很困難了，尤其往往偏鄉也沒有廠商願意送食材，而政府卻要求要繁瑣的食材登錄，甚至還要採用四章一Ｑ認證的食材，可能還沒拿到獎金就已經登錄有問題被處罰了；因此建議要做這一塊應該先建置好環境，例如建立去該店購買食材一定沒問題的商店，便於學校作業。
對此教育部國教署長邱乾國表示，目前此政策仍有需要改進的方向，例如教育、農業、衛生等面向需要由中央統一規範整合，以及對於食材的訊息應該更即時，例如面臨颱風來襲食材若有問題不應該用公文層層轉發而是直接在四章一Ｑ網站公告，避免耗時。
邱乾國也指出，目前處於政策推動初期，應該在地方多辦說明會，而非使用書面方式溝通，否則Q&A越寫越大本問題還是沒解決，另外也須檢討獎勵金制度以及檢獲登錄作業程序，未來希望能成立專案辦公室，以系統化方式去盤點所遇到的困難，來讓此政策更為完善。
