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徐耀昌重視生態保育，上任後積極籌劃自然保育專責單位，104年7月縣府農業處成立自然生態保育科，推動重要地景、珍稀植物、珍貴老樹保存及野生動物救傷、保育教育等工作，同時爭取農委會補助設立生態保育教育中心，收容流浪貓犬及獼猴、石虎、猛禽等保育野生動物，是全國第3個設置的生態保育教育中心。
徐耀昌指出，生態保育教育中心的成立，將提供動物棲息環境，第2期工程將興建100隻收容量的貓舍、生命教育多媒體視廳教室等，第3期工程將持續爭取中央補助增建300隻收容量犬舍、寵物運動公園、焚化爐等，未來且將不定期舉辦保育宣導教育活動，落實保育工作。
縣府在銅鑼鄉朝陽村芎蕉灣段後龍溪畔興建苗栗縣生態保育教育中心，第1期工程由農委會補助3千1百59萬6千餘元，新建猛禽舍、石虎及獼猴等保育類野生動物收容舍、收容犬120隻、貓20隻的犬舍、短暫照顧場所、檢疫隔離區、診療手術室、醫療美容等設施、認領養諮詢手續區等。
