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消基會批評，「食安五環」中，第一環「源頭控管」在本次事件已破功，不管是食藥署的「食安雲」或是化學局的「化學雲」，以及農糧署的「生產履歷系統」都未發揮大數據分析、跨部會勾稽查核、有效阻絕等功能，以致非准用的芬普尼流入雞蛋及其製品。
其次，消基會質疑，政府僅針對包裝雞蛋進行清查，未包括雞蛋衍生製品，例如麵糰、液體蛋等都可能有芬普尼蹤跡，要求食藥署盡快列出追蹤查驗對象，否則消費者繼續吃下肚，又該如何賠償？
消基會並認為，台灣目前並無合格食用動物用的環境用藥，以致農民無所適從，僅聽任藥商建議購買。此次食安事件過後，消費者關心的是可能遭受的其他風險，包括除了芬普尼，還有其他殺蟲劑嗎？以及除了雞蛋，是否還有其他食品中標？呼籲政府對外說清楚、講明白，安消費者的心。
