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張清風校長表示，馬祖位於連接兩岸重要的地理位置，具有特殊的歷史文化、觀光資源及產業活動，海洋大學馬祖校區海洋生物科技系、海洋經營管理系、海洋工程科技系三個系，採用3+1學制，學生大一的時候在基隆校本部研修基礎及專業課程，大二時再到馬祖校區研修跨領域專業課程，大三、大四再回校本部依興趣選擇適當學系修習專業課程，並注重企業實務學習與校外實習，安排學生到中國大陸及大東南亞地區企業實習，提早著眼兩岸布局並接軌世界，造就未來就業競爭力，培養海洋產業所需的跨領域國際高階人才。
劉增應縣長強調，馬祖是閩江口外的一串珍珠，有非常豐富的海洋資源以及海洋生態及觀光資源，具有重要的戰略地位。海大馬祖校區位於北竿，擁有美麗的沙灘，在校園就可以看到海面上的藍眼淚，今天的入學典禮這是馬祖教育史上的重要里程碑，期許海大馬祖分校三個學系未來能夠與馬祖的產業發展緊密結合，發展海洋觀光、養殖產業、海是工程等。
