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邱太三表示，按總統依法行使大赦、特赦、減刑及復權之權，並得命令行政院轉令主管部（法務部）為大赦、特赦、減刑、復權的研議，分別為憲法第40條及赦免法第6條所明定，故赦免權的行使，是憲法賦予總統的固有權，是否行使此項權利，及行使之對象與範圍，端賴總統審時度勢，盱衡一切情狀而為決定。
至於保外醫治部分，邱太三說，受刑人有下列其中一種情形，監獄得報請法務部矯正署准其保外醫治，包括罹患致死率高疾病，預料短期內將因而死亡；身心障礙嚴重，無法自理生活，在監難獲適當照護；病情嚴重必須長期監外住院治療；肢體障礙嚴重，必須長期在監外復健；病情複雜，難以控制，隨時有致死之危險；罹患法定傳染病，在監難以適當隔離治療。
邱太三指出，保外醫治涉及收容人的生命權與醫療權，其審核雖仍以醫療性的指標為主，但仍需輔以次要指標，兼顧人權之際猶能防衛社會安全，維護社會公平正義，確保國家刑罰權之伸張。
邱太三談到，矯正機關辦理保外醫治審核，並非單以醫療作為准駁的指標，在考量生命為先與醫療人權的前提下，如何兼顧防衛社會，維護社會公平正義，落實刑罰權，做出合宜的綜合判定。
邱太三也說，近來媒體、輿論對於保外醫治制度檢討聲浪不斷，或對保外醫治制度與規定不明及誤解，甚或誤導民眾行政機關因人設事，嚴重影響矯正機關的形象，但矯正署仍將持續努力於醫療人權與刑罰公平正義之間，尋求最佳的衡平，並配合於修正監獄行刑法等矯正法令時，完備保外醫治規範，以建立可長可久的制度。1061005
