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陳水扁方面認為，法官曾德水平日辦案風格可議，又不具醫療專業，只因媒體報導他在今年5月出席凱德格蘭學校募款餐會，就向媒體放話要開庭，頗有利用媒體辦案，製造不利於陳水扁的氛圍，認為已有刑事訴訟法第18條執行職務偏頗的情形，因此向高院聲請法官迴避。
高院另組合議庭調查，發現自該案裁定停審後，曾德水曾分別於今年4月14日、5月31日函詢高雄長庚醫院、台中監獄、台灣高鐵車站，了解陳水扁的意思表達及行動能力，以供合議庭判斷原裁定停審的原因是否已消滅，這部分屬於法院得依職權調查的事項，因此認為陳水扁聲請迴避無理由，予以駁回。
陳水扁不服提起抗告，最高法院審理後，認為聲請法官迴避須依客觀事實，合理判斷法官確實有偏頗之虞，並非當事人主觀認為，且法官調查案件的停審原因是否已消滅，可免審判延宕、不決，屬程序正義的實踐，陳水扁僅憑主觀而為指摘，難認有理由，因此駁回抗告。
據了解，陳水扁所涉停審和尚未定讞案件，包含二次金改案、國務機要費案、洗錢案、侵占總統府機密文件案與教唆偽證案等。
