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國防部指出，依「預算法」及「中央政府各機關單位預算執行要點」訂頒之「軍費預算執行及支付結報規定」執行預算調控，可將預算有效調節，發揮最大效益，亦能避免因繳庫造成後續年度財力需求負擔，調控預算亦依法於後續年度編列預算歸墊，無違法之虞。
國防部更以近年裝備性能提升為例，102年度「F16 A/B型機性能提升」、103年「愛二性能提升及採購愛三」及104年「S-70C反潛直升機性能提升」等案 ，均因應美方調整財務需求等因素，致原編預算不足，國防部秉持「依法行政」原則執行預算調控作業，為行之有年的慣例。
國防部強調，後續將依立法院第9屆第4會期「外交及國防委員會」106年10月23日決議，跨軍種之軍事投資預算調動主動通知立法院並說明事由；另於經費表報揭露提供審監機關審查，以臻周延。
