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先查獲王之疫苗來自李某，再查獲李某之疫苗源自於嘉義大學郭姓副教授及張姓助理教授等人，先後發動3次搜索，共20個地點，傳訊22人，其中3人羈押禁見，2人具保；金門地檢署亦將上開李輸入禽流感疫苗案件移轉至台南地檢署偵辦。
檢察官陳竹君則就李疫苗來源，先於8月2日指揮南市刑大等持法院搜索票在台南、雲林、屏東之王住所及養鴨場等8個處所同步執行搜索，扣得水禽雷氏桿菌等疫苗73瓶、小鴨出貨單等物；並在屏東縣萬丹鄉堤防路等處，查扣王守育棄置之非法疫苗42瓶，重約140公斤。
經傳喚李、王等8人到案接受調查，經檢察官訊問後，認為2人涉犯動物用藥品管理法第33條、第35條之輸入、運送動物用禁藥等罪嫌重大，有滅證之事實及串證之虞，向法院聲請羈押禁見，經法官裁准李婭、王守育羈押禁見。
嗣深入調查發現李之疫苗係付費由嘉義大學教授製造，遂於11月22日前往該大學副教授郭鴻志、助理教授張文興辦公室、實驗室及住處搜索，並傳喚郭、張等8人，郭獲得20萬元交保；張由法官裁定具保30萬元；王守育、李婭業經偵查終結起訴，李、郭、張等人仍持續偵查中。
