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2013年4月19日，邱議瑩不滿法務部將前總統陳水扁移送台中培德醫院，前往法務部找當時部長曾勇夫理論，但是曾勇夫辦公室大門鎖上、電燈關閉，邱議瑩一氣之下踹破辦公室大門，隔日法務部依妨害公務、毀損公務、侮辱公署、毀損等罪嫌將她函請台北地檢署法辦。2013年11月1日新任法務部部長羅瑩雪基於「以和為貴」爲由，撤回告訴，邱議瑩獲不起訴處分。
失言罵在野黨立委「番仔」
2016年11月16日，立院經濟委員會審查農委會預算，針對民進黨政府打算開放日本核災地區食品進口，國民黨立委提案要求農委會先對此進行專案報告。在藍綠立委爭吵過程中，邱議瑩脫口罵在野黨立委「番仔」，引發邱議瑩歧視原住民爭議。
邱議瑩用維基百科解釋，「番仔」是漢族用來用來稱呼「外地人」或「外國人」一種稱謂，亦可用於形容語言不同或無法溝通之人。東華大學原住民族學院院長施正鋒教授表示，「番仔」在台灣過去一百多年來都是歧視原住民的用語，漢人罵人「番仔」就是比喻此人像原住民一樣不講道理，就是一種歧視。
時代力量原住民立委高潞以用批評，原住民族人對「番仔」一詞感到不舒服，絕非被害妄想症，而是真實的生命經驗和社會處境。在四方抗議聲不斷下，邱議瑩才被迫於2016年11月17日在臉書上為失言道歉。
不滿李永得被盤查 出面罵警瞎
2016年3月19日，邱議瑩的先生、客委會主委李永得穿拖鞋到樓下超商購物被員警盤查，李永得在臉書貼文：「台北什麼時候變警察國家？太離譜了吧！」邱議瑩認為丈夫穿夾腳拖就被盤查，批評警察很瞎，不過多數民眾認為警方是依法合理行使職權，並在臉書上留言批評邱議瑩。
面對民眾批評，邱議瑩在臉書上留言反擊：「酸民真的好辛苦，好認真喔！加油！」並標示狀況為「覺得被逗樂了」，更激起許多民眾憤怒不滿。
嗆會抗議的不是真正勞工
立法院4日審查《勞基法》修正案，立院內立委爭論不休、立院外勞團抗爭不斷。國民黨立委張麗善質疑「民進黨立委沒聽到外面勞工在抗議」此時，台下的邱議瑩回嗆，「連抗議都不認真，用放錄音帶抗議，當年我們走街頭才不是這樣。」之後更嗆「真正認真的勞工都在工作賺錢。」
此話一出更加激怒勞工團體與在野黨，國民黨發言人李明賢說，正因為有邱議瑩，讓蔡英文「史上最會溝通的政府」、「謙卑、謙卑、再謙卑」兩句名言成為笑話。
邱的發言引發眾怒，到了4日晚間越來越多自稱「錄音帶」的抗議者加入，抗議持續達11小時，之後更轉進凱達格蘭大道前抗議，增添維安警方的勤務負擔。
