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台大校方也表示，張正琪教授於記者會聲稱，CDD 2013論文與其升等教授無關，但事實上，張有將論文用於2016年申請副教授升等教授所用。因此才依據教育部及台大相關規定，撤銷原審定合格教授證書，並於五年內，不得再行受理教師資格申請。
張正琪在記者會上指出，事發後，11月11日台大隨即邀請副校長郭大維、主任秘書林達德及郭明良、張正琪等人到校會商，並表示會找孫同天院士組成特別委員會，並要求郭明良辭職，指出會幫郭安排藥廠職務，要求郭與張兩人閉嘴不准發言，並指定郭大維擔任教評會召集人。
張正琪也指出，台大論文審議小組調查過程草率，調查小組及特別委員會三個多月調查程序中，都沒有請當事人說明及申辯，僅以郵件書信往返，直至教評會審議前一天，才取得有爭議的17篇論文資料，但教評委員均非該領域專業，公正性也令人質疑。張正琪並指出，台大論文造假案的初審與終審結果落差很大，1月13日台大初步報告直指郭明良、查詩婷及林明燦三人有論文造假情形，但2月24日教評會最後審議卻輕放三人，而重懲自己。
張正琪表示，教評會直指其為JBC2008論文的實際指導者，但事實是，該篇論文為郭亦炘（第二作者）的碩士論文，郭明良是通訊作者，強調自己只是博士班研究生，無法指導碩士生論文，只是單純幫忙潤飾英文而掛名的第三作者，懲處明顯有失公正。更質疑此是幕後是否有「影武者」在操控大局，意圖「圍張救楊」。
張正琪最後也在記者會上發表不自殺聲明，表示自己不會在研究室注射麻醉藥自殺，因為她還有六歲的女兒要扶養；張正琪也表示自己衷心期望教育部及科技部的審查，能夠還給他一個公道。
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