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但是審計部查核發現，此案未成立專案督導小組，也未訂定規劃、設計、招標等作業節點控管，導致歷時2年7個月才完成基本及細部設計審查作業，延誤後續文書檔案管理中心裝修工程招標期程。國防部同時也未依市場行情編列工程預算，導致偏離市場價格，影響廠商投標意願，延遲達成文書檔案資訊化管理目標。
國防部委託中科院建置進出識別系統，耗資2,802萬元購置X光檢驗機及電檢門裝備，審計部發現近2年使用率僅3.8%，無法達成增進安全維護效率與減少安全警衛人力預期效益等情事，已函請國防部妥適處理。
針對審計部要求改善，國防部表示已研議成立專案工作小組，定期召開會議，就規劃設計、採購作業等面向辦理聯合會審，管制工程進度、施工品質及預算執行。
針對X光檢驗機及電檢門使用率偏低，國防部表示，也會依核心防護等級，適切調整警監裝備部署，以提高裝備使用效益等改善措施。
