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其中加班費換補休，換休比例以1比1計算，不像領加班費，可以加乘計算（即前兩小時1又1/3，之後１又2/3計算）；補休期限由勞資雙方自行協商，經雙方協商同意，在3年、5年，甚至10年休完都屬合法；補休未休完，須換回原本加班費。
台北市長柯文哲對此表示，新法恐讓加班費都變補休；台北市勞動局長賴香伶也憂心，補休若要換回加班費，新法只有規定雙方約定「屆期」折換，沒有規定時間，可能會出現勞資雙方說法不同的狀況，增加勞檢難度。
勞動部說明，雇主不得片面要求勞工補休，加班換補休的選擇權在勞工身上，補休未休完雇主仍應給予加班費，「勞資雙方可以約定補休期限，但不得無限延誤」。至於補休期限為何，目前傳出施行細則將明訂年度內結清。
要特別注意的是，是否換取補休，勞雇雙方不得事前約定（勞動契約、工作規則、內部規範）加班一律補休，而且雇主也不能強迫，否則可處2萬到100萬元罰鍰。
