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提出微型飛彈快突擊艇案的參謀總長李喜明表示，構想來自2016年的雄三飛彈誤射事件。不過，微型飛彈快突擊艇案在海軍內部引發不同意見，反對派認為微型飛彈艇不切實際，解放軍曾打造22型飛彈快艇，但是之後也放棄發展飛彈快艇。
反對者也認為，以海軍除役的「海鷗」級飛彈快艇運用為例，在台灣周遭海域冬季東北季風來時海象不佳，飛彈快艇經常在風浪大於蒲氏五、六級以上時，難以出海執行任務。
此外，據傳60艘飛彈快艇加上百餘枚反艦飛彈總投資經費逾百億，但是依照中國大陸解放軍發展的海空與無人機兵力，微型飛彈突擊艇一出港就可能遭到鎖定，根本無法達成預期效果，所以國安會質疑飛彈突擊艇在戰時能否發生功效，並不認同海軍的做法。
