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國民黨初選的第一個問題是「本來就有人對初選制度有疑慮」，像是已經宣布參選新北市的前台北縣長周錫瑋，過去就強調要全民調加上黨員民調，在基隆民調烏龍之後，周便找到破口，直言「叫我怎麼相信全民調」、「吳敦義太在乎黨初選會不會公平」等等言論，批評黨中央偏心的論述，更加有力也更能說服外界。
其次，在本次被認為有機會光復的澎湖縣也出現同樣的問題，原本在第二波提名縣市中，原本應該包含澎湖縣，但最終卻急喊卡，原本藍營要徵召前縣長賴峰偉回鍋參選，但是卻傳出地方不滿聲浪，在基隆民調出包前，有意參選的澎湖縣黨部前主委鄭清發便痛陳民調不公，馬公市長葉竹林也揚言參選到底，讓國民黨提名局勢生變。
第二項初選的問題就是「地方黨部主委參選、球員兼裁判怎維持公正性」，由於宋瑋莉本身是基隆市黨部主委，雖然請假參選，選務工作是由地方黨部書記長代為辦理，但是民調出包使宋由敗轉勝，其他縣市同樣是有地方黨部主委參選情形者，也讓人憂心。
像是新竹縣，立委林為洲宣布參選縣長，另外還有副縣長楊文科投入選舉，外傳新竹縣議會副議長陳見賢也要一同競選，同時陳見賢身兼地方黨部主委一職，但卻遲遲沒有正式表態，陳妻陳玉貴又在臉書上貼出「新竹縣長候選人」的藏頭詩，讓陳見賢的動態備受矚目，若不處理恐怕又讓一盤好棋下到輸。
同時，在高雄市也出現類似狀況，立委陳宜民早早就表態參選，近期也開始進行政見發表會，可外傳地方黨部主委韓國瑜受到黨中央期待參選，但是韓的動向一直曖昧不清，在狀況不明的情況下，韓的發言屢屢讓陳宜民不滿，在陳宜民宣布參選的政見發表會上，身為操盤手的韓國瑜卻以另有行程婉拒出席，讓陳深夜開砲暗批韓，「想球員兼裁判，起碼也要表現風度。」
最後一項則是「事緩則圓變成夜長夢多」，國民黨中央一向希望各地方參選能夠一團和氣，能夠協調溝通，維持黨內和諧，一致對外打贏選戰，但在拉長提名過程的期間，反而讓地方耳語不斷、外界點名滿天飛，傷害士氣也傷害團結。例如，台北市長人選，至今遲遲未定，各界頻頻點將，這不僅對已經宣布參選的候選人有傷害，也營造出黨無人能一戰的形象。
一場基隆市長民調初選烏龍，讓外界用放大鏡來檢視國民黨初選，接下來即將要民調的是台中市，這除了是兩位立委的對決之外，也是國民黨六都的起手式，若無令人信服的結果，沒能平息黨內疑慮，也將引來全民負面觀感。
