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中國國民黨籍立法委員柯志恩質詢時表示，教育部對管中閔案的說法反覆，要求台大再度召開遴選會後，卻不接受結果，又說要等臨時校務會議，根據台大遴選作業要點規定，有窒礙難行之處，得由臨時校務會議補正，但窒礙難行應該是像候選人退出，而要點無相關規定時，才由校務會議補正，台大遴選會已選出當選人，哪有窒礙難行之處。
國民黨籍立委陳學聖質詢時指出，身為台大校友，看到高教龍頭那麼久沒有校長，實在匪夷所思，還讓台大師生走上街頭抗議，令人越來越憂心，如果來選台大校長都要被污辱一番，以後誰還敢來選，而陽明大學和台灣大學的校長遴選都傳出爭議，教育部應該標準一致，否則將後患無窮。
賴士葆質詢時也質疑，教育部對台大和陽明是兩套標準，郭旭崧只有副教授資格，但陽明遴選會認為他等同教授，教育部就核定人事案；但台大說管中閔沒問題，教育部卻遲遲不核定，難道大學自主是假的嗎？他也質疑教育部長卡住管中閔案是在進行官位保衛戰。
潘文忠表示，台大和陽明的校長遴選雖然都有爭議，卻有一些不同，因為台大校長遴選過程中，校務會議具有1/3同意推薦的權責，基於尊重大學自主，教育部會等台大校務會議討論並凝聚共識後，再進行適法性處理。
潘文忠並強調，教育部立場一致，他對特定候選人沒有成見，也不會戀棧職位，而陽明校長遴選只有1個爭議，管中閔卻有學術倫理、兼職等爭議，教育部只是希望釐清這些疑義；他說：「如果學術倫理沒有釐清，台灣的學術發展還有機會嗎？」（編輯：施燕飛/梁君棣）1070312
