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檢方起訴指出，2014 年 3 月 18 日晚上，「反黑箱服貿民主陣線」等團體在濟南路舉行「守護台灣民主晚會」，黃國昌在會中提議以占領立法院的方式表達抗議訴求，晚間 9 點多，號召民眾侵入立法院，立院被占領了 24 天。
台北地院在一審時，認為黃國昌、魏揚等人未煽惑他人犯罪，且進入立法院並非「無故」，這樣的號召不構成煽惑他人犯罪。而林飛帆等人被控妨害公務，也查無「以強暴方式妨害公務」行為，而公投護台灣聯盟總召蔡丁貴遭指違反集會遊行法部分，無證據可以證明他是占領立法院集會的首謀。北院在判決中探討「公民不服從」概念，包括著作「正義論」 定義的公民不服從，指「基於改變法律或政府政策之目的而發動之公開、非暴力、基於良知之違法政治活動」。
檢方對全案提起上訴，高院審理時，22 名被告仍主張無罪。林飛帆、陳為廷和魏揚均否認煽惑群眾犯罪，強調當時一起佔領立院議場的民眾，都基於個人自由意志，並反批《刑法》第 153 條處罰的「煽惑他人犯罪」，是箝制人民言論自由的罪名。
辯護律師團主張，依最高法院見解，應限縮於群眾缺乏個人意志、受煽惑者鼓動操弄時，才構成「煽惑他人犯罪」，本案群眾並非被催眠的喪屍，也不是聽學運領袖 3 人用大聲公演講就被操弄，更沒有犯罪行為，可見黃國昌、林飛帆、陳為廷等人在本案不構成煽惑行為。
公訴檢察官對律師團的法律見解表示尊重，但認為進出立院「應該不用翻牆進去」，仍主張應改判有罪。黃國昌出庭批檢方用「煽惑他人犯罪」罪嫌起訴本案，「是不尊重當時參與的群眾，欠缺對公民運動的認識」，因為群眾是獨立自主決定參加挽救台灣的行動，沒有人被煽動。
檢察官則認為，本案應聚焦「占領」這個行為，立法院若是人人都能進入，何須翻牆爬？感慨被告與律師們的辯詞讓人「受教很多」。
黃國昌聽到檢察官說「你們不用進立法院」的說法時，忍不住駁斥「法律人當時到底做了什麼？」並批評檢察官、法官當時能對或有對服貿案做過什麼嗎？
不過雖然二審維持原判無罪，但高院法官也提醒，煽惑犯罪屬即成犯，時任立法院長王金平稱「不會驅離」是占領立院之後的發言，而「公民不服從」主要是針對無故侵入建築物論述，但這部分並不在起訴範圍內。
