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2018新賽季經過各隊以及協會共同評估上一賽季之過程協商討論，將賽制調整為3循環賽制共計30場比賽，積分前2名進行季後賽總決賽。冠軍隊伍將獲得年度總冠軍獎盃及70萬元獎金，團體獎項共有年度總冠軍、亞軍則有20萬獎金、季軍10萬元及公平競爭獎10萬元，個人獎項則包括最佳教練獎10萬元、金靴獎10萬元及金手套獎10萬元。
開幕戰首場賽事將由花蓮女子足球隊挑戰上屆冠軍台中藍鯨，接著將由新北國際交手上屆亞軍臺北Play One。
新的賽季，中華民國足球協會依然積極與電視轉播單位接洽，目標希望能夠場場都能看到電視轉播，在今年木蘭聯賽總決賽也確定配合體育署轉播計劃進行電視轉播，另外本賽季例行賽事仍會透過網路將比賽做單機的網路直播。
