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教育部以台大新任校長管中閔曾赴陸授課為由，拒絕讓管就任，後續內政部長也遭藍營踢爆曾多次赴陸授課，引起極大爭議，也讓卡管案更受關注，在此時，教育部長潘文忠也以卡管案已經泛政治化請辭下台，政院火速找來中研院院士吳茂昆接任教育部長一職，
游淑慧表示，大陸中科院是類似台灣中研院位階的機構，而且還是直接隸屬在中國國務院下，官方色彩濃厚，吳茂昆能擔任顧問，這比到一般大學兼職講課更嚴重。
▲國民黨港湖區議員擬參選人游淑慧爆料，新任教育部長吳茂昆在 2016 年擔任中國國務院下，中國科學院的合作組顧問。（圖／取自游淑慧臉書）
游淑慧指出， 2016 年 10 月份，大陸中科院網頁內文中介紹，合作組顧問是要固定開會，「聽取」各項目組工作進展報告，「協調」合作單位間各項事宜，都有具體的業務。這還不算「兼職」？內文更將吳茂昆與大陸學者，一起併列為「來自國內 10 餘家相關單位的 30 餘位專家」，看到這樣的介紹，曾經支持過「一邊一國」的吳茂昆，是否知情？
