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不過吳茂昆在上任之前，就被踢爆有在對岸任職的紀錄，總統府前副祕書長羅智強更爆料，吳茂昆在國科會任職期間，曾任中國「西部超導材料科技有限公司（WST）」的技術顧問。
對此，吳茂昆受訪時指出，他先前發出的聲明內容，全部都是事實，所有質疑都是莫須有的指控，他去中國都是做學術上的交流，從未任過教職，也沒有承擔任何職務，更沒有擔任中國企業的顧問。
至於羅智強爆料吳茂昆列名中國西部超導公司技術顧問職一事，他說他非常意外，並不知道為什麼他被引用名字，不過媒體追問為何只有列出吳茂昆的名字，而沒有其他台灣學者如李遠哲、朱經武？吳茂昆則回應，可能李遠哲、朱經武也有被列名，只是沒有被報導。
吳茂昆強調，他是科學家，都是實事求是的精神在做事，中國西部超導負責人周聯是中國院士，他們是因專業學術而認識，但真正的見面則是在台灣，是由工研院邀請周聯來台。
