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不過長期關注教育方面的柯志恩，在質詢時，開門見山地問吳茂昆對於「卡管案」的立場，吳茂昆沒有正面回應，說明周三的諮詢會開完之後，才會再做定奪，對於管中閔赴陸兼職的法規適用以及定義，都沒有表明自己的立場。
柯志恩有備而來，直接調出照片，竟是吳茂昆在東華校長任內時在美國所設立的「師沛恩」公司，性質是一家生技研究的公司，公司的兩位負責人之一，赫然就是吳茂昆；柯志恩更強調，公司申請研發專利，但專利權明明就屬於東華大學，為何吳茂昆可以以「個人名義」去申請，且更在大陸繼續申請專利。
對此，吳茂昆解釋，他是專利發明人，有參與研究工作。他是以專利發明人的身分去申請，而這個專利權屬於東華大學。當初大家在發明專利時，希望這個發明有更好的應用，所以才會在美國設立公司，希望能在美國提出相關的專利。
不過柯志恩並不買帳，她直言，東華大學並沒有將發明的專利權技術轉移給吳茂昆，為何可以這樣做？依照《公務人員服務法》第13條，公務員不得經營商業或投機事業，專利權沒有技術轉移，在美國的專利卻變成了美國的「師沛恩」公司，所有該做的利益迴避等爭議全都無視。
柯志恩強調，不管吳茂昆對於管中閔案的立場為何，都希望不要有兩套標準，並要求吳茂昆對還在任職東華校長時在美設立公司，提出完整解釋，「相對於赴陸兼職，這才是重大瑕疵」。
隨後民進黨立委張廖萬堅質詢時，吳茂昆重申，柯志恩質詢時他在美國設立公司與赴陸申請專利，「以我的認知，都是沒問題的」。
