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「如果學分是掛你的名字，這就很明顯是兼課，兼課是兼職其他職務，那一定是不許可的，跟我們現在的教育人員任用條例不符。」邱垂正強調，教師在大陸有無兼職兼課，要有具體事實，需要去查證，不過所謂的短期講學期限要多短？講學形式又應該如何？這部分需要教育部釐清，否則一方面允許教師赴陸短期講學，但又不准兼職兼課，「這之間是否有歧異的部分，需要教育部對外清楚說清楚」。
邱垂正認為，其實教育部做一個清楚的解釋並不困難，只要在函釋上清楚規定，讓將來所有的學校跟教師，都有標準來遵守，就不會感到「這種事情通通是違規不合法」，陸委會也會建請教育部，在赴陸交流的部分，包括管中閔案，新任部長吳茂昆赴陸爭議，做一定程度的釐清。再來，兩岸校際交流合作協議，目前已經簽下一萬五千多份，但怎樣的交流型態，恐有違法部分，教育部也要講清楚，讓互動都能夠在一定的機制和規範內運作，「這樣我們兩岸的交流，才能夠永續又健康」。
邱垂正說，有關赴陸短期講學和兼職兼課問題，其實過去屬於「三不管地帶」，教育部和學校之間，學校和老師之間都沒有清楚的規範，但法有明定，只要是赴陸兼職兼課，基本上都是不許可的，但教育部又核准教師短期講學，這所謂的短期講學，到底是什麼樣的型態，這個教育部應該要清楚說明。
邱垂正重申，陸委會希望不要讓外界認為，政府是在限制、緊縮兩岸學術交流，「我們現在也沒修改任何法規法令，都是以前的」，只是希望藉由這次風波，讓主管機關把有些模糊不清的地方，重新檢視，再次釐清，並跟社會大眾說清楚標準在那，讓大家可以遵守，「就不會說是不是違法的問題，或是社會亂貼標籤，好像政府在阻撓兩岸學術交流」，這個都不是事實，陸委會建請教育部下階段趕快來處理這件事情。
