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先不論全案所涉及的藍綠政治意識形態，先就現實層面來講，大陸校方可能不理會我政府所要求的文書查核，但教育部身為主事者，專責單位早該料想到可能會發生這問題，理應預先訂出一套論事判斷的標準作業流程 （SOP） 才對。到底全案有沒有能解決事情的辦事流程，在「卡管案」卡了三個月，許多民眾都喪失信心。
誰違法兼職？誰又是法令所許可的短期客座授課？教育部國際及兩岸教育司司長畢祖安 24 日接受《NOWnews 今日新聞》訪問時表示，教育部並沒有單位會對每項檢舉案逐一認定，教育部尊重大學自治，只要大學人事或相關單位確認無誤，全案就可以定案。
對於大陸或海外部分學校的網站，刊登某學者是該校教授、主講某課程，卻遭當事人否認，畢祖安說，這些訊息真真假假，有些可能是學者名氣太大，學校誇大拿來宣傳招生，導致部分知名學者蒙受不白之冤，對於這些真假難辨的訊息，教育部基本上尊重學者的說明。
畢祖安援引教育人員任用條例第 34 條，指出專任教育人員除法令另有規定外，不得在外兼課或兼職，但是「沒有聘書」的短期客座授課，是被教育部允許的。
畢祖安表示，這些案件都是經人檢舉後，相關單位才會受理，教育部目前沒有特定單位能認定誰去大陸短期客座交流？誰才是違法兼課？如果有人被檢舉，相關當事人應出面說明，澄清自己是非常態的短期交流，只要沒有取得聘書，涉及常態性違法兼課（固定性、經常性、持續性）等三項事實，爭議就可以結束。
至於管中閔案經台大校務會議確認後，為何上報到教育部，還會「卡」這麼久？教育部沒有回答。
教育部前述的說明，顯示對於學者赴陸違法兼職，已經有一套標準作業流程可以快速認定，但為何卡管長達三個月，還讓一名教育部長請辭不幹，顯示全案並沒有真的照流程快速走完，人為操作的斧鑿痕跡仍在。
也遭到泛藍爆料頻頻，「一個頭、兩個大」的新任教育部長吳茂昆表示，台大校長管中閔人事案今天 （25） 就會召開諮詢小組會議，希望本周就會有結果。
管中閔案即將寶劍出鞘，是慧劍斬斷一切煩惱，還是選擇血流成河，就看願不願意照著既有的 SOP 走了。
