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國民黨立委蔣萬安指出，吳茂昆 2012 年 2 月至 201 6年 1 月間擔任國立東華大學校長，卻於 2015 年 8 月在美國成立公司（ Spiranthes Biotech, LLC ），並為該公司之「成員」（ membe r）。依據美國加州法律，有限責任公司（ LLC ）之成員即為「股東」，因此吳已明顯違反《公務員服務法》第 13 條，不得經營商業或投機事業之規定。
蔣萬安進一步說明，，吳茂昆 2015 年 9 月 2 日將東華大學之專利權（申請號：TW104107161 ）以美國公司名義申請國際專利（ PCT ），進而申請包括美國、日本、中國大陸、歐盟等各國專利；對此東華大學明確表示「校方不知情」，而吳茂昆 4 月 23 日緊急聲明「如果專利申請到了，這個專利的成果，是一定要再回到學校的」。但吳未依實務慣例遞交 PCT 申請書同時寫明專利受讓人（ assignee ）為國立東華大學，甚至另外簽署一份「專利轉讓書」給其所設立的美國公司（ Spiranthes Biotech, LLC ），而非國立東華大學，戳破「申請到的專利將移轉回校方」的說法。
蔣萬安質疑，吳茂昆日前辯稱其以美國公司名義於 2015 年 9 月所申請的國際專利（ PCT ）及之後於 2017 年 7 月申請的美國專利，為綬草專利 2.0 版，非屬東華大學所有。但經調閱相關文件，該綬草專利 2.0 版在台灣的專利權人為國立東華大學，且該專利是吳擔任東華大學校長時所申請，因此所謂專利 2.0 版實為東華大學所有，絕非如吳部長所言該 2.0 版不屬於東華大學。
國民黨立委王育敏則痛批，吳茂昆公然說謊、公然違法，呼籲行政院長賴清德應壯士斷腕，勿為包庇；吳茂坤身為台灣未來教育大政擘畫和推動的首長，對於擅將東華大學之專利以私人公司名義申請他國專利並移至公司名下一事，一直不願誠實面對，如此要如何成為台灣各級學校校長、老師、甚至所有學子的榜樣？「政府放任如此極具爭議性人物擔任教育部長，台灣的公義何在？」
