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吳茂昆說，關於龍應台日前在臉書貼出的文章，他覺得「很好笑」，因為龍自稱當年當部長時，「什麼事情都要聽院長跟總統的」，當時的作法和今天的完全不一樣，例如前幾天他和賴清德參訪資訊硬體業時，賴要求他好好回應產業界的需求，並沒有給予任何指示，最後才裁示，「教育部長這個說法非常好，政院決定往這邊走」。
此外，近日吳茂昆捲入的美國師沛恩公司專利案，該公司負責人歐陽彥堂請辭心悅生醫董事，吳茂昆說這是歐陽個人問題，但他要強調，歐陽是位非常了不起的科學家，是台灣出去第一位真正把 GPS 這個系統產業化的科學家，現在 Gogoro 電動機車的想法，早在幾年前歐陽就和他談過，所以這麼一位全心全意要回饋台灣、幫助年輕人的人才，現在因為他當教育部長，搞到要請辭心悅生醫，他完全不能理解，他要打電話問他原因，「覺得很莫名其妙，我對不起他」。
