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舒翠玲對於最近教育部處理台大校長遴選的拔管事件，也提出了她的質疑。她說，針對教育部的作為，4月29日清華大學師生罕見的在清華校園針對「民主與學術自由」發布聲明，直指「大學獨立自由，是民主的核心價值。」要捍衛台灣這塊土地的價值，有免於恐懼的自由，並在校園繫上黃絲帶。
舒翠玲並舉民國38年1月20日台大傅斯年校長的做為當做例子，說當年在蔣介石那個威權時代，傅斯年用自己的生命捍衛台大的獨立自主拒絕政治黑手伸進校園，也因為傅斯年的堅持，台大的獨立自由學風因而奠立了難以撼動的根基。民進黨政府應該要落實黨政軍的勢力退出校園，還給大學自治的權利。台灣要的是真民主，而不是民粹為名的假民主。
