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成大醫院率先國內醫學中心，於99年與部立臺南醫院成立「合作病房」，提供「雙主治醫師」服務，讓病人安心，並於106年增加郭綜合醫院、107年再增加胸腔病院之合作病房，成大醫院藉由雙方互通的資訊平台，可即時掌握合作病房之動態，提高轉院的效率。
此外，為提升門診轉診就醫之方便性，成大醫院特別保留門診名額給轉診病人，且醫療院所也可直接進入成大醫院「轉診院所專用網站」協助病人完成門診的預約掛號；病人只要依預約號碼及預定報到時間，可直接至門診診間報到看診，以節省病人就醫等候的時間。
成大醫院社區醫療群共8群，有49家診所參加，除接受24小時電話諮詢外，並於民眾住院時，偕同基層診所醫師前往關懷，且定期舉辦會議以提供專業交流之機會，藉由健保電子轉診平台及健保醫療資訊雲端查詢系統，讓基層診所可隨時瞭解轉診病人之狀態與檢查結果。
