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針對管中閔的獨董爭議，陳保基說，贊成所有不合理的地方都可以修法，但不應該因為拔管這件事來修法，尤其管中閔去年12月才獲頒「國家講座主持人獎」，結果今年一月就說管是壞人，相當諷刺。他強調，「國家講座主持人獎」審查都要超過一年，結果今天變成什麼都不是，這樣給做研究的人，好像顏色正確什麼都沒問題，政府怎麼有理由跟年輕人說，「你以後有希望」？
陳保基指出，教育部目前做的事情，會烙在學生和老師的心裡面，影響至少二十年，讓他相當憂心未來國家要怎麼走下去；他也對這次新五四運動相當滿意，因為校園裡面不應該要有任何衝突，甚至在校園外面，也希望抗爭活動能夠理性，這次有大約五千人參加活動，「這很不容易，反映這件事情被關心的程度」。
陳保基表示，如果教育部連台大校長遴委會都不相信，那還要相信誰？何況教育部派的3個代表都還在遴委會裡面，也沒人說遴選有問題，因為遴選程序是很嚴謹的，每個人簽名後還要重複確認，這樣都不相信，甚至要重啟遴選，把一個很正常的遴選全部糟蹋掉，「21個遴委會委員裡，有多少大學校長？有多少部會首長？難道他們都是白癡嗎？柯文哲說的白痴，就是在罵蔡英文，你看看多丟臉」。
