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葉慶元坦言，在馬英九執政時期，類似教育部卡管的作為，是完全不能想像的，「無法想像一個大學校長，會因為政治立場跟執政當局不同，持續被卡」，而吳茂昆上任至今的各種爭議，當局卻選擇力挺到底，「坦白說，吳茂昆在馬英九時代，大概五天就下台，光是東華大學專利爭議，這件事情就足以下台」。
而在外交部分，馬英九主要是靠「九二共識」讓兩岸維持一個和諧，讓對岸不用狂挖我邦交國，台灣也不用砸大錢搞金錢外交。葉慶元指出，馬英九執政時，有外交官說，那時候是最好做外交的，除了台灣不需要砸銀彈維繫邦誼外，友邦也不會對我需索無度，就算需索，因為對岸不會挖腳，台灣也不需要理他，比較像是有尊嚴的外交，也不會讓周邊國家認為，台灣是東亞一個暴衝的、外交上會造成不穩定的區域因素。
而蔡英文曾嗆馬英九說「外交靠實力，不是靠善意」，結果兩年斷交三國，葉慶元反問，到底實力是什麼？甚至前總統陳水扁也跳出來酸蔡英文兩句，稱「我八年斷九個，妳兩年斷三個」，完全就是一個比爛的概念，台灣如果要跟對岸硬碰硬，實力夠當然可以，但目前為止只有傷害，沒什麼結果，蔡英文現在的外交成績單，完全是不及格的。
葉慶元強調，對岸的打壓，永遠是台灣外交很重要的因素，馬英九時代比較有善意的外交，是讓台灣比較能維持國際能見度、國際交流的方法，民進黨所謂的靠實力，其實也是砸錢做外交，才送十億軍備給多明尼加，結果馬上被對方甩了，在這樣的比較下，如果承認九二共識，給對岸善意是比較好的做法。
