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監委指出，另賸餘經費 293,767 千元中，除保留 150,826.94 千元及轉入專戶 26,076.27 千元，供以後年度辦理私劣菸品查緝業務外，餘 116,863.79 千元係逕行解繳市縣庫，未留供以後年度辦理私劣菸品查緝等用途，不符專款專用之規定，其中南投縣政府、雲林縣政府、花蓮縣政府及新竹市政府等有連續 5 年繳庫率均逾 3 成之情形。
監委調查發現，審計部早於 102 年函財政部，要求該部就菸酒業管理及督導查緝執行事項之缺失予以研謀改善時，即已指出 98 至 100 年間，各年度均有半數以上直轄市及縣（市）政府查緝經費執行率低於 80 %，而國庫署並未實地考核其支用情形。
此外，監委表示，南投縣政府、屏東縣政府、新竹市政府、高雄市政府等有以查緝經費支應考察分攤款、員工尾牙餐敘與慰問花籃等與私劣菸品查緝業務無直接相關之費用，或購置非專用於菸酒查緝業務之電腦設備，或支用於非專責辦理菸酒管理業務人員之薪給等情事，亦有違專款專用原則。
監委也指出，財政部對於地方政府執行查緝經費，有多次違反專款專用規定或遲未改善之情形，並未納入查緝經費分配指標項目計算，無法收儆示效果，亟待檢討經費分配機制，俾督促地方政府妥善運用查緝經費，一併要求財政部檢討改善。
