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公司法第173之1條，也就是所謂的「大同條款」部分，考量到外界憂會引發派系鬥爭經營權，因此附加但書，採取較寬鬆的版本，在二讀時，增訂為「3個月以上持有已發行股份總數過半數股份的股東」，可以自行召集股東臨時會。
除了「大同條款」二讀通過後，另一項爭議條文「SOGO條款」則是做了文字修正，通過二讀表決，條文將違法事項範圍擴大，只要犯刑法偽造文書印文罪章等罪，經裁判確定後主管機關可以不經檢察機關通知，就撤銷或廢止違法公司的登記，並新增利害關係人也可申請撤銷，不過修法並不溯及既往，SOGO公司增資案並不適用。
除了2大爭議條款之外，這次《公司法》修法也新增防制洗錢條款，在實質受益人申報條款部分，原定公司每個月必須申報實質受益人，範圍包括董事、監察人、經理人及持股10%以上的股東，在經修正後，訂定公司每年定期以電子方式申報到中央主管機關建置或指定的資訊平台，如果有變動，應於變動後15天內申報。
至於刪除法人董事的提案，在這次修法時則未獲得採納，最終遭到否決，維持政府或法人為股東時，得當選董事或監察人的規定。
