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關於菜花的治療，目前西醫主要採取電燒、冷凍、塗抹藥膏等方式，這類治療方式雖然可以快速去除皮膚表面突起的菜花，但對於皮膚組織細胞具有一定程度的破壞力，通常女性的傷口復原期較男性久，一般需要花上3、40天的時間，過程中飽受肉體及精神的折磨。更糟糕的是，有些人復原後1個多月可能又復發，原因在於潛藏在皮膚底層的菜花病毒，以電燒、冷凍的方式難以斷根。
其實治療菜花還有專業中醫可供選擇，無論發病或病情嚴重與否，透過中醫治療平均7天就可以見到效果，皮膚表面的菜花會自然萎縮脫落，無傷口自然就無需忍受復原期間的身心煎熬，這是中醫治療的優勢。黃慶雲說明，中醫治療以內服加上外用雙管齊下，可使皮膚「祛腐生新」，使菜花脫落後長出新肉。在於內服藥有活血化瘀、清熱解毒，增強吞噬細胞的能力，促進人體免疫反應，加強消炎癒合的速度。
即使是已經接受電燒、冷凍、塗抹藥膏等各種方式去除表面菜花的病人，也可經由中醫治療，將沒有清除乾淨的表皮菜花徹底清除後重新長出新肉，同時清熱解毒，減輕復原期間的身心負擔。一般中醫治療後追蹤半年，成效都維持良好，復發率很低。
黃慶雲指出，目前門診來一位花東的大學生，肛門周圍不幸感染菜花，接受電燒後因皮膚潰爛不斷滲出帶有血絲的組織液，使得排便疼痛坐也坐不住，糟糕的是電燒僅去除較大的菜花，電燒1周後細小的菜花又長出來，讓病人苦不堪言。 病人到中醫診所求治時，詳細檢查後更發現肛門內側也有菜花，所幸經過中醫內服外用的治療下，2周後病情大幅改善，持續治療幾個禮拜後便重拾健康。
