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澎博公司董事長林佩慧語帶哽咽表示，剛接下澎湖水族館的時候，以為是一個有基礎的場館，之後卻發現長久以來的漏水問題及施作防水工程會這麼複雜，然後重新規劃展題及動線，將舊有的內裝全部打掉，線路更新並且修復大洋池與礁岩池，幾乎耗盡了團隊中所有成員的鬥志，不過在公司眾志成城、堅毅不拔的努力之下，終能以全新的風貌再度示人。
這次澎湖水族館把西吉的藍洞搬到濱海區，提供遊客體驗置身藍洞，享受水下看天的感覺，身歷波濤洶湧的浪擊音響，非常特殊的經驗，為世界獨無二的創舉。且為使水族館更具有保育及教育功能，加強生物多樣性，展示內容更豐富。
▲澎湖水族館舉辦祈福儀式祝願場館設備與水族皆能平安（圖／張塵攝 , 2018.08.16）
水族館並且邀請水試所所長陳君如、主任黃丁士、縣府農漁局長薛宏營、白沙鄉長莊美李、鄉代會主席宋萬富等多位貴賓，舉辦水族館設備重新啟用，生物新居落成的祈福儀式，祈求房舍與水族都能平安順遂，設備功能正常和萬物生態健康。
重新啟用的澎湖水族館，不僅以海洋教育、環境保護為主軸，更將融合澎湖在地人文及歷史，館內各區結合玄武岩、咾咕石牆、仙人掌等景觀特色，呈現獨一無二、具備澎湖特色之水族館。
