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日本政府專機執行例行任務時，無線電呼號分別為Japanese Air Force 001與002，又被稱為日本「空軍一號」與「空軍二號」。過去日本首相與天皇出訪，都搭乘日航的客機作為專機，1991年日本政府開始購入2架波音747-47C客機，「-7C」為代表「日本政府」的波音客戶代號，軍用編號為20-1101和20-1102。
這2架專機1992年開始服役，平時停放在航空自衛隊北海道的千歲基地。2013年發生阿爾及利亞人質危機，日本政府曾派政府專機從阿爾及利亞運回日本僑民。這2架新專機將由航空自衛隊進行飛行訓練，預計2019年2月將舊的兩架747客機除役。
我國元首專機則為編號3701的波音737-800客機。不過，由於我國艱辛的外交環境，元首出訪很少搭乘這架專機，而是租用民航機，例如蔡英文總統出訪友邦，就大多是租用華航客機。所以這架「空軍一號」儘管2000年就購入，但是飛行時數卻相當低，很少飛出國，平時停放於松山機場內的空軍指揮部內。僅在2005年陳水扁總統任內出訪帛琉，曾經搭載總統出國過。
這架總統專機也惹出不少風波。2005年6月，陳水扁公子陳致中搭乘總統專機到台中訂婚，引發批評，總統府後來解釋稱總統以外的人非因公務跟隨他搭乘，都有按規定自付票價；陳致中則回說，當時並無高鐵，如果總統車隊一路從台北開到台中，長距離的維安會更擾民，因此選擇搭機。
2006年空軍還將行政專機傳統的藍白兩色空軍塗裝，改為機腹淺綠，機身金、紅、藍等色帶，由於近似牙膏包裝，被航空迷笑稱為「牙膏機」。2008年國民黨重新執政後，於2009年利用飛機例行大修的機會，空軍將其改回傳統白底藍邊塗裝。
▲空軍購入波音737-800作為行政專機，這架俗稱「空軍一號」總統行政專機平時停放於松山機場內的空軍指揮部內。（圖／記者呂炯昌攝 ）
