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▲國家政策基金會稱「消失的B1」，經開放參觀可以發現，一部分是雜物儲放空間，一部分是台電的高壓機房，實無促轉會所謂的可疑檔案。（圖／國家政策基金會提供）
智庫執行長高永光表示，智庫是依據法律獨立運作的財團法人，董事長依章程選出，未必是國民黨黨主席，工作人員也多數不具備國民黨黨籍。針對促轉會調查的事件，智庫願意公開讓記者採訪參觀，但對於不依法定程序濫用職權的促轉會，除非依正當法律程序，否則智庫礙難配合。
智庫司法及法治組召集人何展旭指出，智庫成立於民國89年，不是威權時期成立，不可能有當年的檔案；第二，促轉會認定智庫可疑的理由只有一個，就是智庫董事長是國民黨主席吳敦義，但此種理由過於薄弱；第三、促轉會人員當日未明確表明身份，調查之方式違反比例原則；最後，智庫工作人員當日詢問促轉會人員，是否他想調查誰就可以調查誰，他們回答說「是」，答案令人不寒而慄。
至於媒體提問是否因為選戰將近，促轉會的調查行動是選舉考量？對此，高永光指出，他不想過度解讀，但如果民進黨有此意圖，將令人失望，政治學強調有限權力，權力應該受限，促轉會權力不受限制恐成為憲政怪獸，民眾自然會以選票唾棄之。
高永光說，以其他國家的例子來看，促轉會之目的在於「回歸真相」，如何調查徵集檔案，智庫沒有意見，但存放此種檔案的機關甚多，也有民進黨的機構，未來該如何徵集，仍應依正當法律程序。
