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為了解決爭議，北市府曾於 2002 年 3 月聲請大法官釋憲，經多次訴訟，並促請中央修法。 2012 年 7 月 1 日新上路的《勞工保險條例》及《全民健康保險法》施行後，取消直轄市政府勞健保保險費補助 5% 規定，改由中央政府補助。
北市府指出，此案相關爭議款項合計金額達 976 億餘元，其中 2010 至 2014 年間，前市長郝龍斌任內於自籌 137.90 億元、舉借 267.04 億元、中央專案補助 344.37 億元，總共償還 749.31 億元； 2015 至 2018 年間，市長柯文哲任內自籌 158.19 億元、中央專案補助 68.55 億元，共償還 226.74 億元。
北市府勞健保爭議款還款財源及執行情形。（圖／台北市政府提供）根據北市府統計， 976 億餘元中，市府設法在自有財源中籌措 296.09 億元；而 2011 至 2013 年度，則是透過借款 267.04 億元來償還爭議款，另外還有 412.92 億元來自中央專案補助，在 3 日清償最後一筆攤撥金額 31 億餘元後，正式完成償還。 2018 年清償完後， 2019 年起中央將不再給予專案補助。
北市府表示，感謝北市議會多年來的預算支持，經由勞動局與中央努力協商、財政局全盤的財務規畫，使此欠款爭議案得以提早一年完成還款，讓紛擾地方與中央多年之爭議，在市長柯文哲首任期內提前畫上句點。
對此 PTT 鄉民表示，「高雄的還清了嗎」、「柯就是提前還掉了，徹底解決這爭議」、「絕對不能讓柯當選，不然整天反觀」、「這必須推」、「阿伯你有點誇張」、「難怪藍綠恨得要死 QQ 」。
