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葉俊榮指出，在這段過程中，向法院提出假處分，或是訴願等司法程序都在進行中，他也非常尊重司法。通常司法決定，就是最終決定，訴願程序也是一樣。過程中，不管相關機關有沒有答辯書，訴願都可以進行。
葉俊榮說，他處理個案，都是從制度著眼，希望從制度面向解決問題，這不影響其他司法相關救濟程序。
外傳教育部駁回台大校長遴委會的決定後，包括台大、台大學生、台大校長當選人管中閔，在 6 月初都提起訴願，訴願委員會原則上要在 3 個月內作出訴願決定，但由於台大及管中閔都需提出資料補正，最快10月間才會作出訴願決定。但教育部對於台大校長遴選過程的相關文書，還沒有送到訴願委員會，也未對台大及管中閔等人所提的訴願答辯，訴願會暫時無從審酌，必須等待教育部的書面資料送達。
