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另外，海基會7日的會議中，國民黨推派的董事周繼祥，質疑邱垂正代表的陸委會，在居住證問題上立場強硬保守，但海基會應向對岸充滿善意，認為這是立場矛盾。
邱垂正說，他當時有和周繼祥短暫交鋒，因為「台港澳居住證」的樣式，與大陸身分證雷同，其中港澳已經回歸一國兩制，背後有政治圖謀，長遠看來有將台灣「內國化」的問題，且因大陸新制的所得稅法將於明年上路，居滿183天就要繳稅，如果將在陸台人納入戶口管理系統，不排除也有控管人流、錢流的問題，這也是台商相當擔心的問題，因此，政府有向國人揭露背後風險的責任，並非強硬保守，有沒有立場矛盾的問題。
邱垂正指出，有關居住證的相關修法，會去跟各界徵詢意見，就算有限制人民權利義務的部分，也會依照相關法定程序逐步推動，目前大家的共識是，要完善申報登記制，也有研擬其他便利措施，例如可委託代理人回台登記，或者是用網路登記等等，現在都在規劃中，至於未申報的相關懲處，一定會朝影響最小的方向進行研議。
另有黨政人士表示，只要中國大陸沒有放棄要併吞中華民國、消滅中華民國，對岸實施任何片面作為，例如居住證或31項對台措施，政府都不能不進入國安思考，這個思維就是「做最壞的打算和最好的準備」，如果要降低國安風險，就應該要透過官方來互相研議，避免誤解誤判，但大陸現在又中斷官方溝通聯絡的機制，如果台灣不對此有任何因應措施，讓國家和國人暴露在風險之下，那才是真的失職。
