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此風波繼續延燒，新北市政府澄清，賴清德所謂 99 年 3 月召開的會議，是節能減碳推行委員會議，針對當時「既有」火力機組，減少二氧化碳排放所召開，由於深澳電廠早在 3 年前，就已經不再發電，因此根本不在會議討論範圍，會議內容也完全沒有涉及新電廠的審核，何來所謂核定。
新北市政府表示，深澳電廠更新擴建計畫，也就是拆舊廠蓋新廠，是在民國 94 年民進黨執政時，由行政院會通過， 95 年通過環評，當時的行政院長是蘇貞昌， 96 年電廠除役，並重申「請賴院長趕快回去查公文，因為深澳電廠案從計劃核定、環評通過、公告，到編列預算，都是在蘇貞昌院長任內，不要亂推。」
行政院昨日深夜發新聞稿表示， 2010 年 3 月 31 日朱立倫任行政院副院長時，在「行政院節能減碳委員會議」中明確裁示：「目前台電公司已提報之火力電廠汰舊換新計畫，請經建會儘速審議，並協調相關部會解決遭遇問題。」而台電公司在該次會議所提出之簡報即把深澳電廠/林口電廠/大林電廠/通霄電廠等均列為「進行中之屆齡汰舊換新計畫」，新北市政府卻發新聞稿指出深澳電廠已經不再發電，根本不在會議討論範圍，此實為混淆視聽。
▲ 行政院發新聞稿，批評新北市政府根本在混淆視聽。（圖／翻攝行政院網站）行政院還指出， 2010 年朱立倫當副院長時，深澳電廠更新計畫尚且編列了 3.8 億元經費， 2011 、 2012 年再編 2.2 億及 5.2 億元更新經費，並列為行政院管制的重要計畫，這些都是網路公開即可查到的資訊，這也代表深澳電廠在國民黨執政時期、民進黨執政時期，都是國家能源政策中的一環，而今新北市政府卻選擇性誤導大眾，這是不對的行為。
▲行政院秀出會議記錄，指出 2010 年 3 月 31 日行政院節能減碳推動會 99 年度第 3 次委員會，討論案為降低發電系統碳排放-既有火力發電廠發電效率全面提升，其中一案就是深澳電廠。（圖／翻攝行政院網站）