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同年 10 月，陳水扁邀請當時的國民黨主席連戰入府討論核四問題。連戰準備了核四應該續建來替代核一、核二的建議書，行政院會卻同步對外宣布核四停建，讓前腳才剛離開總統府，被記者堵在國民黨中央黨部門口，詢問對於核四停建看法的連戰錯愕不已，當時這個畫面葉毓蘭仍歷歷在目。
隔年 1 月，大法官會議對核四停建做出 520 號解釋，直指行政院停建的決策過程有重大瑕疵。於是在同年 2 月立法院通過續建，行政院長張俊雄與立法院簽署復工協議，核四停建僅 110 天。但核四停工再復工，重新發包、工程銜接善後等問題，不僅總投資額由原來核定的 1888 億元，增加到 2335 億元，且原先一號機預定要在民國 93 年完成商業運轉，但受到停建影響，一延再延，到了民國 100 年底，又因福島核災，導致反核聲浪大起，於是核四從未啟用。
葉毓蘭指出，從 1980 年開始的核四計畫，建置成本高達新台幣 2838 億元，全部債留子孫。她痛批，民進黨「死抱反核神主牌，現在為了 11 月 24 日的選舉，又宣布深澳停建、中火減煤」，讓葉毓蘭不禁質疑，這真的是執政黨的能源政策？還是一時的「選戰策略」？怒轟「反覆無常的政黨與詐騙集團無異」！並表示，執政黨可能在大選過後，隨時準備宣布恢復興建。
