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高等法院台南分院於106年8月二審宣判仍維持國賠案成立，中石化公司須負賠償責任及賠償金額上修為約1億9千158萬，而經濟部無須賠償。中石化公司不服二審判決而提上訴，經最高法院歷經1年3個月審理後，於107年11月28日三審宣判。
中石化自救會長林吉進對判決感到失望，他說，經濟部沒責任，他感到不服氣，整起事件是經濟部造成，法官這樣判決，他很無奈、也沒辦法，將與律師團溝通，研議其他補救的辦法。
對此，中石化公司聲明指出，戴奧辛污染國賠案由中石化獨自負擔1.9億賠償金，該公司尊重判決，但深感遺憾與痛心。中石化表示，前台碱公司安順廠於1982年關廠前，經濟部已相當程度知悉土地受有污染，卻火速關閉該廠、無任何整治作為，更旋即將台碱公司併入當時的國營事業中石化公司作為解決手段。經濟部自當時就以各種方式掩飾、隱瞞當地居民土地已受污染之事實，使得戴奧辛毒害持續進入居民身體，長期累積並侵蝕居民健康，進而超過人體可負荷之上限。
中石化強調，該公司從未在當地進行生產與製造行為，判決理由是欲加之罪。居民若有任何損害未能獲得充分填補，也應由經濟部再增加賠償或補償金額，最高法院判決由中石化公司單獨賠償，根本不符公平正義。收到判決後，將研究該判決所適用之法律有無牴觸憲法的疑義，研擬向司法院大法官聲請釋憲之可能性，以維護全體股東之權益。
台南市政府表示，對於三審判決結果深表欣慰，對傷害居民是遲來的正義，呼籲中石化公司儘速賠償，另已歷經一到三審之冗長訴訟，期間已有63名受害居民相繼過世，餘受害者還要等待更審中醫療費用給付之最後判決結果，可能陸續不在人世，此景更情何以堪，實非各界所樂見，在此本府呼籲中石化公司儘速依發回更審理由與居民和解，以撫慰傷害居民，倘有必要，本府將協助居民爭取應得賠償。
中石化安順廠當地居民認為昔日政府沒有善盡管理責任，讓污染擴散到附近的土地造成居民的危害，導致居民血液中累積戴奧辛濃度偏高，除當地居民對中石化公司、經濟部提出國賠告訴外，本府為撫慰中石化安順廠周遭居民被污染影響健康及生計。
自中石化安順廠污染揭發後，南市府極力向行政院、經濟部及環境保護署爭取照護補助，94至103年共爭取兩階段照護經費17.3億，104至113年再爭取第三階段照護經費14.4億元，運用於居民生活照顧、健康照護及醫療補助等，使居民生活無後顧之憂，此外，南市府秉持防止二次污染採24小時嚴格監督中石化公司整治作業，並邀請居民參與各種中石化整治相關會議，相關積極作為已獲當地居民認同。
中石化安順廠位於台南市安南區，前身為台鹼安順廠，早年利用水銀電解法電解食鹽水製造鹼氯，導致現今顯宮里、鹿耳里、四草里等地區環境遭受汞汙染。製造農藥、除草劑及木材防腐劑之五氯酚鈉時會產生戴奧辛，廠區存放的五氯酚鈉長期受到雨水沖刷，使得廠區土壤及地下水遭到五氯酚鈉及戴奧辛污染，導致中石化安順廠區一帶同時存在戴奧辛及汞等不同污染物，2003年十，學者發現附近魚類體內含汞與戴奧辛超標，當地居民在不知情的狀況下長期捕食魚蝦，體內蓄積過量戴奧辛，致多人罹癌。
