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台灣今年的香蕉與鳳梨等農產品，相繼產銷失衡引發民怨，不斷有農民團體北上農委會抗議，令蔡政府相當頭痛，民進黨中常會一度傳出要求撤換林聰賢，即使總統蔡英文在中常會都批評農糧署「問題很大」，但最後卻上演「棄車保帥」政治戲碼，請辭負責層級只到署長，讓農民更為不滿。
雖然林聰賢在宜蘭執政時累積了高人氣，但進了中央後發言失當上新聞的頻率也不低。他在立委質詢冬季如何預防禽流感威脅時，曾回答「冬天不要養禽」讓人傻眼；農民請農委會協助外銷商品時，林竟要農民自己先去找外銷訂單；國民黨大林鎮長候選人簡志偉帶著鳳梨農北上抗議，林聰賢竟回答「不歡迎政治動員」而拒絕與簡及農民對話，這些言論都引發爭議。
事實上，林聰賢在接任農委會主委任內，馬上面臨H5N6禽流感考驗、農藥殘留標準調整爭議、戴奧辛超標雞蛋、芬普尼毒雞蛋等，熟悉他的人都知道，他處理過的危機事件相當多，雖然農產失衡的問題，讓民進黨丟了農業縣市，但任內推動新農業政策，包括10年內建立三萬生力軍的青農部隊，試著提高農民、農戶的收入，也被部份年輕農業從事者肯定。
但在選前，農委會仍然爭議不斷，先是豐年社社長汪文豪「被請辭」，引發爭議；而在九合一選舉之後，林聰賢神隱多日，再次出現就拋出「吳音寧階段性任務已完成」的震撼彈，吳音寧也在29日的董事會決議後下台，讓外界認為根本是在「找戰犯」。
產量失衡，造成蔬果價格崩跌，加上農委會各種爭議不斷，讓綠營失去農業縣市的民心，林聰賢的去職，也許就代表著執政黨需要深思，如何端出讓農民「有感」的施政方針，才有機會挽回低迷的聲勢。
