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他表示，上任後的重要目標就是改善空汙，訂定目標後也逐漸落實，先前訂定2年改善紅害20％，也有達成目標，但此計畫是8年的計畫，自己辭職之後，還需要進一步落實。
李應元說，環保是個非常矛盾的議題，管制工廠、老車汙染，當然會引起部分民眾的不滿，但為了保持空氣品質，還是有人要去做。他也認為，倫敦、洛杉磯等城市的污染改善也是需要時間，沒辦法立竿見影。
非核家園是執政黨的重要政見之一，但在以核養綠公投通過後，擁核聲浪崛起，李應元認為，核廢料是全世界的問題，需要中央地方討論才能一起解決。
辭官後要做什麼？李應元說，自己還有很多書沒念，很多朋友要約吃飯打氣，他也打趣地說，小孩建議他乾脆去做校長太太的秘書，還省了找工作的麻煩。
