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2016年5月初，當時內定駐日的謝長廷就沖之鳥礁爭議發表看法，如果馬英九政府派軍艦到沖之鳥礁護漁，意味著台灣不惜以戰爭來解決問題，由於美日之間簽有安保條約，也等於台灣對美國宣戰，因為台灣武器大多是美國提供，日本非常熟悉，因此一但開戰，台灣必然毫無勝算。不過，到了今（2018）年1月，謝長廷接受媒體訪問時改口說，沖之鳥雖然牽動到捕魚爭議，但是在台日在國安上卻有共同利益，因此更要謹慎處理。
PO照稱日本人敢吃福島蔬菜
2011年311日本福島核災後，福島周邊縣市食品是否解禁輸台成為台灣內部爭論議題，更有多位民進黨縣市首長公開反對進口。2016年政黨輪替後，謝長廷在上任後又表示「禁止福島核災農產品進口須有時限」，認為為了台日關係著想，台灣不該再繼續禁止核災區食品進口。
對於有人質疑福島等縣市的農產品日本人也不吃，2016年11月，謝長廷曾在臉書PO出日本超市的照片，強調「福島縣產」的花椰菜也是被買光，代表日本人敢吃。但遭網友反問謝「為何一定要把福島產出的東西拿來販售給台灣？」
國民黨設慰安婦銅像 謝稱護不義黨產
2018年中國與日本官方頻繁交流，日本首相安倍晉三更在10月25日首度訪問中國大陸，眼見中日關係升溫，也導致謝長廷在今年下半年發表了不少關於台日關係的爭議言論。
今年8月14日，國民黨在台南市黨部旁空地設置慰安婦銅像，謝長廷就在臉書上發文抱怨「台灣內部的中國政黨卻不斷擴大台日的矛盾對立」，引發國民黨不滿，國民黨市議員李明賢譏笑「謝長廷是不是要申請日本籍？」
9月4日，謝長廷批評國民黨台南市黨部明知土地將被法拍，才設置慰安婦像，真正目的在維護不義黨產，是消費兼利用慰安婦議題。
風災過後台旅客滯留日本 謝長廷忙著PO文罵人
9月份颱風與地震等天災接連侵襲日本，導致上千台灣旅客滯留日本關西機場，國內輿論質疑駐日代表處毫無作為。雖然事後證明部分為假新聞，但是謝長廷未在第一時間向國人說明情況，而是在臉書上就1998年高雄市長選舉時與吳敦義的選舉恩怨，PO文批國民黨含血噴人。
11月24日九合一大選綁公投中，反核食公投也過關，政府必須繼續禁止核災區食品進口，引發日本外務省不滿，揚言告到世界貿易組織（WTO），另一方面，中國大陸宣布解禁日本核食進口，日本外相河野太郎12月7日表示，此事可能影響到台灣能否加入「跨太平洋夥伴全面進步協定（ CPTPP ）」。
謝長廷12月8日晚間在臉書發文直嗆，「我昨天跟記者說這時候需要耐性的溝通與説明，而不要再講這種刺激日本的話。想不到又有人説是捧日或媚日。是中文看不懂嗎？還是霸凌我習慣了？」針對網友與國民黨批評是「助日代表」，謝長廷強調，「我是駐日代表，領取台灣的薪水，關係到台灣利益的事當然必須講出來，這怎麼捧日或媚日？也許破壞了中國『拉日孤台』的謀略，才會一直被修理吧？！」
