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2018年9月7日台灣首座慰安婦銅像遭日本右翼人士藤井實彥腳踹羞辱，謝長廷認為是藤井的個人行為，不代表日本政府，不應擴大到台日對立或政府間的矛盾。遭PTT網友諷刺說，「有可能日本授權來台踢銅像？我的天⋯」、「日本政府對慰安婦的官方態度是什麼？謝長廷要不要報告一下？」
2018年9月4日燕子颱風對日本造成重大災情，800位台灣旅客受困大阪關西機場和北海道，謝長廷5日在臉書發文，內容卻是關於1998年高雄市長選舉的「桃色緋聞錄音帶」事件，引發網友批評，「駐日代表還真閒」、「多少台灣人受到影響？！稅金都是白繳了嗎？！」
2018年5月4日，謝長廷當時已被內定駐日代表，針對台日沖之鳥礁漁權爭議表示，「軍艦護漁等同對美、日宣戰」，被網友嘲諷「這種人即將出任駐日代表?」、「逢日必軟、被日本吃死死」、「所以犧牲漁民救台灣？」
